Năm thứ 3 thực hiện Nghị quyết Đại hội nhiệm kỳ III của Đảng bộ, kỷ niệm 10 năm thành lập KTNN, nhiệm vụ trọng tâm của Đảng bộ năm 2004 là triển khai thực hiện nghiêm túc các chỉ thị Nghị quyết của Đảng để Lãnh đạo KTNN thực hiện nhiệm vụ chuyên môn với mục tiêu: Động viên cao độ sự cố gắng lỗ lực của cán bộ, công chức, kiểm toán viên KTNN; đẩy mạnh cải cách hành chính; đổi mới lề lối và tác phong làm việc; khẩn trương hoàn thiện cơ cấu tổ chức và bộ máy theo Nghị định 93/2003/NĐ-CP ngày 13/8/2003 của Chính phủ; triển khai các giải pháp đồng bộ để hoàn thành nhiệm vụ, kế hoạch kiểm toán đảm bảo tiến độ thời gian và đạt chất lượng cao hơn năm trước, lập thành tích thiết thực kỷ niệm 10 năm ngày thành lập và ngày truyền thống của KTNN.
Năm vừa qua Đảng uỷ Kiểm toán Nhà nước đã bám sát chương trình công tác và sự chỉ đạo của Đảng uỷ khối cơ quan kinh tế Trung ương; phối hợp chặt chẽ với Ban cán sự Đảng, tập trung lãnh đạo một cách tích cực, sâu sát và đã hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ chính trị đề ra. Đảng uỷ yêu cầu các cấp đảng phối hợp chặt chẽ với lãnh đạo đơn vị trong việc xây dựng kế hoạch công tác năm, kế hoạch các cuộc kiểm toán, chỉ đạo các đoàn, tổ kiểm toán và kiểm toán viên tuân thủ đúng chuẩn mực, quy trình kiểm toán trong quá trình thực hiện nhiệm vụ chuyên môn. Hầu hết các cuộc kiểm toán năm 2004 kết thúc đúng thời gian quy định, chất lượng kiểm toán được nâng lên một bước, đảm bảo được các mục tiêu kiểm toán đã đề ra và kế hoạch kiểm toán đã được phê duyệt; những tồn tại, nhược điểm trong quá trình kiểm toán thường mắc phải đã từng bước được khắc phục, chất lượng kiểm toán tiếp tục được nâng lên, quy chế dân chủ trong hoạt động kiểm toán được thực hiện tốt.
Năm 2004 công tác xây dựng Đảng đã được chú trọng thêm một bước. Trong công tác giáo dục chính trị tư tưởng, Đảng uỷ tổ chức cho toàn thể cán bộ đảng viên học tập quán triệt Kết luận Nghị quyết Hội nghị Trung ương 9, 10 khoá IX, giúp cán bộ, đảng viên nhạn thức đầy đủ hơn về chủ trương, chính sách của Đảng. Việc sinh hoạt đảng được cấp uỷ các cấp duy trì đều đặn, bố trí phù hợp với đặc điểm, điều kiện công tác của từng đơn vị. Công tác tổ chức và công tác phát triển đảng tiếp tục được quan tâm, kiện toàn. Trong điều kiện công tác phân tán nhưng việc quản lý đảng viên và phát triển đảng luôn được các cấp uỷ quan tâm. Đảng uỷ đã giới thiệu 100% đảng viên mới, công nhận 11 đảng viên chính thức, tiếp nhận sinh hoạt cho 35 đảng viên từ nơi khác chuyển đến.
Thực hiện chương trình kiểm tra của Đảng uỷ, các tổ chức đảng thuộc và trực thuộc đã triển khai thực hiện kiểm tra tại đảng bộ, chi bộ, giúp cho cán bộ, đảng viên tích tực rèn luyện, tu dưỡng phẩm chất đạo đức, nêu cao tinh thần trách nhiệm người đảng viên. Năm qua không có đơn khiếu nại về kỷ luật cán bộ và đơn tố cáo đối với tổ chức đảng trong Đảng bộ.
Đánh giá chất lượng tổ chức đảng và đảng viên năm 2004, toàn đảng bộ có 24/24 đảng bộ bộ phận, chi bộ thuộc và trực thuộc đạt tiêu chuẩn "trong sạch vững mạnh"; 172/312 đảng viên đủ tư cách, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ và 172 đảng viên hoàn thành tốt nhiệm vụ. Không có đảng viên vi phạm tư cách, không hoàn thành nhiệm vụ.
Năm 2005, năm cuối thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng toàn quốc lần thức IX đồng thời kết thúc nhiệm kỳ của Đảng bộ, phát huy những thành tích đã đạt được, Đảng bộ KTNN phấn đấu thực hiện tốt các chủ trương, đường lối, chỉ thị, nghị quyết của Đảng và nhiệm vụ kiểm toán với mục tiêu: Nâng cao năng lực quản lý, tăng cường kỷ luật, kỷ cương hành chính, đẩy mạnh công tác cán bộ nhằm nâng cao chất lượng kiểm toán và hiệu quả các mặt công tác khác.