Năm 2008 là năm diễn ra Đại hội công đoàn các cấp, Đại hội lần thứ III Công đoàn viên chức Việt Nam. Đối với Công đoàn KTNN, đây là năm bản lề tiến tới kỷ niệm 15 năm thành lập KTNN với nhiệm vụ chính được xác định là "Xây dựng đội ngũ cán bộ, công chức kiểm toán viên trong sạch, vững mạnh". Với mục tiêu trên, Công đoàn KTNN đã có nhiều cố gắng, triển khai đồng bộ các hoạt động cụ thể và thiết thực như: nhanh chóng hoàn thiện tổ chức nhân sự công đoàn các cấp, đẩy mạnh công tác tuyên truyền giáo dục bằng nhiều hình thức, đặc biệt là tuyên truyền Đại hội Công đoàn các cấp tiến tới Đại hội X Công đoàn viên chức Việt Nam, tích cực vận động đoàn viên Công đoàn hưởng ứng phong trào thi đua yêu nước trong cán bộ công chức KTNN, đặc biệt là phong trào 365 ngày hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ lập thành tích kỷ niệm 15 năm thành lập KTNN do Tổng KTNN phát động. Năm qua, Công đoàn KTNN cũng đã có sự phối hợp tốt với lãnh đạo KTNN trong việc thực hiện Quy chế dân chủ cơ sở, chăm lo, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho cán bộ công chức và người lao động, Ban thường vụ và Ban chấp hành công đoàn duy trì nền nếp sinh hoạt định kỳ, kiểm điểm việc thực hiện nhiệm vụ theo từng quý, thông báo nội dung, kết quả và đề ra các biện pháp thực hiện tốt nhiệm vụ...
Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác công đoàn trong năm 2008 cũng còn một số mặt hạn chế. Chất lượng công tác tuyên truyền giáo dục chưa cao, hình thức tổ chức chưa hấp dẫn và chưa phù hợp, công tác thi đua khen thưởng còn có hạn chế, chưa thực sự thúc đẩy phong trào thi đua...
Ban chấp hành Công đoàn đã đưa ra đề nghị Đảng uỷ KTNN chỉ đạo hướng dẫn để các đảng bộ, chi bộ cơ sở tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác Công đoàn, có sự phối hợp chặt chẽ giữa cấp uỷ cơ sở với Ban Thường vụ Công đoàn nhằm thực hiện thắng lợi nhiệm vụ chính trị của KTNN.