Trong những năm qua, phong trào và kết quả hoạt động của Công đoàn và Đoàn thanh niên có nhiều khởi sắc, thực hiện được chức năng, nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật và đóng góp tích cực vào việc hoàn thành thắng lợi nhiệm vụ công tác của ngành. Tuy nhiên, những kết quả đó chưa tương xứng với tiềm năng và còn có khoảng cách so với chức năng, nhiệm vụ được quy định trong Luật Công đoàn, Luật Thanh niên. Hoạt động của Công đoàn, Đoàn thanh niên còn thiếu định hướng dài hạn, thiếu tính kế hoạch trong tổ chức thực hiện. Sự phối hợp trong việc tổ chức các hoạt động phong trào thiếu chặt chẽ, chưa động viên, phối hợp và lôi kéo được đông đảo công đoàn viên, đoàn viên thanh niên tham gia.
Để nâng cao chất lượng hoạt động Công đoàn, Đoàn thanh niên, Tổng KTNN yêu cầu thủ trưởng các đơn vị trực thuộc KTNN cần tập trung thực hiện tốt một số nội dung sau: Căn cứ vào kế hoạch, nhiệm vụ của đơn vị, của KTNN và chức năng, nhiệm vụ của Công đoàn, Đoàn thanh niên để tham gia và tạo điều kiện cho tổ chức đoàn thể các cấp xây dựng và triển khai kế hoạch hoạt động, đảm bảo phục vụ tốt cho nhiệm vụ của đơn vị; định kỳ lãnh đạo các đơn vị làm việc với các tổ chức đoàn thể để thông báo những chủ trương công tác của đơn vị, của KTNN, biện pháp giải quyết những kiến nghị của đoàn viên và lắng nghe ý kiến đóng góp của các tổ chức đoàn thể về hoạt động của đơn vị, của KTNN. Tạo điều kiện để Công đoàn, Đoàn thanh niên đẩy mạnh hơn nữa việc tuyên truyền nhận thức về Luật Công đoàn, Luật Thanh niên và Luật KTNN bằng các hình thức thích hợp; tổ chức vận động học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh; khơi dậy lòng tự hào nghề nghiệp và truyền thống của ngành cho cán bộ, công chức. Tạo điều kiện để Công đoàn, Đoàn thanh niên duy trì và nâng cao chất lượng sinh hoạt, đặc biệt là sinh hoạt tại Đoàn, Tổ kiểm toán, đảm bảo theo quy định của Điều lệ, góp phần tăng cường công tác quản lý cán bộ trong hoạt động kiểm toán. Tăng cường vai trò của Công đoàn, Đoàn thanh niên các cấp trong hoạt động chuyên môn, trong sắp xếp nhân sự, bộ máy, học tập, bồi dưỡng, nâng cao trình độ. Hằng năm, các đơn vị tạo điều kiện về thời gian, kinh phí và phối hợp với Công đoàn, Đoàn thanh niên tổ chức các cuộc thi Kiểm toán viên giỏi, thi tìm hiểu về Luật KTNN, Luật Công đoàn, Luật Thanh niên. Bám sát nội dung Nghị quyết số 03-NQ/ĐU ngày 17/2/2006 của Đảng ủy KTNN về lãnh đạo công tác Đoàn thanh niên trong đó có việc triển khai tổ kiểm toán kiểu mẫu, phòng làm việc kiểu mẫu… để hỗ trợ Đoàn thanh niên triển khai thực hiện. Tăng cường mối quan hệ công tác giữa lãnh đạo các đơn vị và các tổ chức đoàn thể theo Quy chế làm việc của các đơn vị; tạo mọi điều kiện thuận lợi nhất về chủ trương, kinh phí, thời gian và các điều kiện khác để hỗ trợ, phối hợp với Công đoàn, Đoàn thanh niên thực hiện tốt nhiệm vụ trong khả năng và điều kiện của đơn vị…/.