Ngày 07 tháng 12 năm 2006, Công đoàn Kiểm toán Nhà nước đã ra công văn số 57/HD-CDKTNN hướng dẫn về việc Tổ chức Đại hội Công đoàn trực thuộc và Đại hội Công đoàn KTNN khóa V (Nhiệm kỳ 2007-2012).
Công văn xác định rõ mục đích, yêu cầu, nội dung và hình thức tổ chức của các Đại hội. Theo đó, nhiệm kỳ Đại hội Công đoàn KTNN sẽ là 5 năm 1 lần và 5 năm 2 lần đối với các Công đoàn trực thuộc.
Về hình thức tổ chức, các Công đoàn cấp trên cơ sở, các Công đoàn cơ sở thành viên, Công đoàn bộ phận có từ 150 đoàn viên trở lên sẽ tổ chức theo hình thức Đại hội đại biểu và các Công đoàn cơ sở, Công đoàn bộ phận có dưới 150 thành viên sẽ theo hình thức Đại hội toàn thể đoàn viên.
Về thời gian tiến hành Đại hội, các Công đoàn trực thuộc sẽ tổng kết công tác Công đoàn năm 2006 và phương hướng nhiệm vụ công tác năm 2007 gắn với chương trình, nội dung Đại hội xong trước ngày 31/01/2007. Đại hội đại biểu Công đoàn của KTNN sẽ được tổ chức trong tháng 12/2007.